Coverage report

  %line %branch
ca.spaz.cron.datasource.sql.USDAsr17.USDANutrient
0% 
0% 

 1   
 /*
 2   
  * Created on 7-May-2005
 3   
  */
 4   
 package ca.spaz.cron.datasource.sql.USDAsr17;
 5   
 
 6   
 import java.sql.*;
 7   
 import java.util.HashMap;
 8   
 
 9   
 import org.apache.log4j.Logger;
 10   
 
 11   
 import ca.spaz.sql.SQLUpdate;
 12   
 
 13   
 public class USDANutrient {
 14   
 
 15   
    /**
 16   
     * Logger for this class
 17   
     */
 18  0 
    private static final Logger logger = Logger.getLogger(USDAImporter.class);
 19   
    private static HashMap nutrientMap;
 20   
 
 21   
    String ndb_id;
 22   
    String n_id;
 23   
    double amount;
 24   
 
 25   
    /**
 26   
     * Construct from USDB Flat file string
 27   
     * @param str a string from the USDB sr17 flat file
 28   
     * @param groups map of ids to food groups
 29   
     */
 30  0 
    public USDANutrient(String str) {
 31  0 
       String[] parts = str.split("\\^");
 32  0 
       for (int i = 0; i < parts.length; i++) {
 33  0 
          parts[i] = parts[i].replaceAll("^~", "");
 34  0 
          parts[i] = parts[i].replaceAll("~$", "");
 35   
       }
 36  0 
       ndb_id = parts[0];
 37  0 
       n_id = parts[1];
 38  0 
       amount =Double.parseDouble(parts[2]);
 39  0 
    }
 40   
 
 41   
    public void addToDB(Connection c, HashMap foods) {
 42   
       try {
 43  0 
          USDAFood food = (USDAFood)foods.get(ndb_id);
 44  0 
          USDANutrientInfo ni = (USDANutrientInfo)getNutrientMap().get(n_id);
 45  0 
          if (ni != null) {
 46  0 
             ensureRow(c, ni.table, food.ID);
 47  0 
             SQLUpdate s = new SQLUpdate(ni.table);
 48  0 
             s.addWhere("FID", food.ID);
 49  0 
             s.add(ni.tag, amount);
 50  0 
             s.execute(c);
 51   
          }
 52  0 
       } catch (SQLException e) {
 53  0 
          logger.error("parseFood(String)", e);
 54  0 
       }
 55  0 
    }
 56   
 
 57   
    /**
 58   
     * Ensure a nutrient row exists for the given food.
 59   
     * Creates it if it doesn't exist.
 60   
     *
 61   
     * @param table
 62   
     *           the nutrient table name
 63   
     * @param FID
 64   
     *           the FID to create it for, if
 65   
     * @return
 66   
     * @throws SQLException
 67   
     */
 68   
    private boolean ensureRow(Connection c, String table, int FID) throws SQLException {
 69  0 
       Statement s = c.createStatement();
 70  0 
       String q = "SELECT * from " + table + " WHERE FID='" + FID + "';";
 71  0 
       ResultSet res = s.executeQuery(q);
 72  0 
       if (res.next()) {
 73  0 
          return false;
 74   
       } else {
 75  0 
          s.execute("INSERT INTO " + table + " (FID) VALUES ('" + FID + "');");
 76  0 
          return true;
 77   
       }
 78   
    }
 79   
 
 80   
    private static void makeNutrientMap() {
 81  0 
       addNutrient("AminoAcids", "TRP", "501");
 82  0 
       addNutrient("AminoAcids", "THR", "502");
 83  0 
       addNutrient("AminoAcids", "ILE", "503");
 84  0 
       addNutrient("AminoAcids", "LEU", "504");
 85  0 
       addNutrient("AminoAcids", "LYS", "505");
 86  0 
       addNutrient("AminoAcids", "MET", "506");
 87  0 
       addNutrient("AminoAcids", "CYS", "507");
 88  0 
       addNutrient("AminoAcids", "PHE", "508");
 89  0 
       addNutrient("AminoAcids", "TYR", "509");
 90  0 
       addNutrient("AminoAcids", "VAL", "510");
 91  0 
       addNutrient("AminoAcids", "ARG", "511");
 92  0 
       addNutrient("AminoAcids", "HIS", "512");
 93  0 
       addNutrient("AminoAcids", "ALA", "513");
 94  0 
       addNutrient("AminoAcids", "ASP", "514");
 95  0 
       addNutrient("AminoAcids", "GLU", "515");
 96  0 
       addNutrient("AminoAcids", "GLY", "516");
 97  0 
       addNutrient("AminoAcids", "PRO", "517");
 98  0 
       addNutrient("AminoAcids", "SER", "518");
 99  0 
       addNutrient("AminoAcids", "HYP", "521");
 100   
 
 101  0 
       addNutrient("Minerals", "calcium", "301");
 102  0 
       addNutrient("Minerals", "copper", "312");
 103  0 
       addNutrient("Minerals", "iron", "303");
 104  0 
       addNutrient("Minerals", "magnesium", "304");
 105  0 
       addNutrient("Minerals", "manganese", "315");
 106  0 
       addNutrient("Minerals", "phosphorus", "305");
 107  0 
       addNutrient("Minerals", "potassium", "306");
 108  0 
       addNutrient("Minerals", "selenium", "317");
 109  0 
       addNutrient("Minerals", "sodium", "307");
 110  0 
       addNutrient("Minerals", "zinc", "309");
 111   
 
 112  0 
       addNutrient("MacroNutrients", "kcals", "208");
 113  0 
       addNutrient("MacroNutrients", "protein", "203");
 114  0 
       addNutrient("MacroNutrients", "lipid", "204");
 115  0 
       addNutrient("MacroNutrients", "carbs", "205");
 116  0 
       addNutrient("MacroNutrients", "ash", "207");
 117  0 
       addNutrient("MacroNutrients", "starch", "209");
 118  0 
       addNutrient("MacroNutrients", "water", "255");
 119  0 
       addNutrient("MacroNutrients", "kj", "268");
 120  0 
       addNutrient("MacroNutrients", "sugar", "269");
 121  0 
       addNutrient("MacroNutrients", "fiber", "291");
 122   
 
 123  0 
       addNutrient("Vitamins", "vit_a", "318");
 124  0 
       addNutrient("Vitamins", "retinol", "319");
 125  0 
       addNutrient("Vitamins", "alpha_carotene", "322");
 126  0 
       addNutrient("Vitamins", "beta_carotene", "321");
 127  0 
       addNutrient("Vitamins", "beta_cryptoxanthin", "334");
 128  0 
       addNutrient("Vitamins", "lycopene", "337");
 129  0 
       addNutrient("Vitamins", "lutein", "338");
 130  0 
       addNutrient("Vitamins", "vit_b6", "415");
 131  0 
       addNutrient("Vitamins", "vit_b12", "418");
 132  0 
       addNutrient("Vitamins", "vit_c", "401");
 133  0 
       addNutrient("Vitamins", "vit_d", "324");
 134  0 
       addNutrient("Vitamins", "vit_e", "323");
 135  0 
       addNutrient("Vitamins", "beta_tocopherol", "341");
 136  0 
       addNutrient("Vitamins", "delta_tocopherol", "343");
 137  0 
       addNutrient("Vitamins", "gamma_tocopherol", "342");
 138  0 
       addNutrient("Vitamins", "vit_k", "430");
 139  0 
       addNutrient("Vitamins", "thiamin", "404");
 140  0 
       addNutrient("Vitamins", "riboflavin", "405");
 141  0 
       addNutrient("Vitamins", "niacin", "406");
 142  0 
       addNutrient("Vitamins", "panto_acid", "410");
 143  0 
       addNutrient("Vitamins", "folate", "417");
 144   
 
 145  0 
       addNutrient("Lipids", "saturated", "606");
 146  0 
       addNutrient("Lipids", "monounsaturated", "645");
 147  0 
       addNutrient("Lipids", "polyunsaturated", "646");
 148  0 
       addNutrient("Lipids", "transfats", "605");
 149  0 
       addNutrient("Lipids", "cholesterol", "601");
 150  0 
       addNutrient("Lipids", "phytosterol", "636");
 151   
       //addNutrient("Lipids", "omega3", "");
 152   
       //addNutrient("Lipids", "omega6", "");
 153  0 
    }
 154   
 
 155   
    private static void addNutrient(String table, String tag, String nid) {
 156  0 
       USDANutrientInfo ni = new USDANutrientInfo();
 157  0 
       ni.table = table;
 158  0 
       ni.tag = tag;
 159  0 
       getNutrientMap().put(nid, ni);
 160  0 
    }
 161   
 
 162   
    public static HashMap getNutrientMap() {
 163  0 
       if (nutrientMap == null) {
 164  0 
          nutrientMap = new HashMap();
 165  0 
          makeNutrientMap();
 166   
       }
 167  0 
       return nutrientMap;
 168   
    }
 169   
 
 170   
    public static class USDANutrientInfo {
 171   
       public USDANutrientInfo() {}
 172   
       String table;
 173   
       String tag;
 174   
    }
 175   
 
 176   
 }

This report is generated by jcoverage, Maven and Maven JCoverage Plugin.